O Setor Educacional do Mercosul (SEM) é o resultado da assinatura de protocolo de intenções por parte dos Ministros da Educação dos respectivos países membros do bloco. Sua criação reconheceu a importância da educação "como estratégia para o desenvolvimento da integração econômica e cultural do Mercosul e o peso da informação para se alcançarem esses objetivos".

O SEM é organizado pelo Comitê Coordenador Regional (CCR) dos países associados e membros do Mercosul com suas respectivas instâncias: as Comissões Regionais de Área (CRA) relacionadas à Educação Básica, Educação Superior e Educação Tecnológica.

Também fazem parte do SEM diferentes Grupos Gestores de Projetos (GGP), que trabalham as questões relacionadas a indicadores estatísticos e harmonização de termos educacionais, além do Sistema de Informação e Comunicação (SIC) que interage nos diversos níveis. Estas são as instâncias das quais o Inep participa.